仕事でたまたまAVCHDのファイルを扱う事になり、分割されてて困ったので結合した話
tsMuxerRを使うと、無劣化で1つのTSファイルとして出力する事が出来ました
切れ目も綺麗に繋がっています
tsMuxeRのダウンロード先：http://www.gigafree.net/media/blu-ray/tsmuxer.html
使い方は至って単純で、0000.MTSを最初にドラッグアンドドロップし、後はjoinボタンから0001.MTS以降を追加していくだけです
パスのところを白塗りしてますが、こんな感じで追加されます
登録し終わったら出力先フォルダを選択します
出力方法は色々と選べますが、TS muxingが良いでしょう
最後に一番下にあるStart Muxingをクリックすれば、指定したフォルダに1ファイルとして出力されます
画面写真はWindowsですが、MacやLinux向けにも提供されています